Петр I жил в этом доме недолго, всего два с половиной месяца, наблюдая за строительством укреплений Архангельска и военных кораблей. В связи с ежегодным затоплением и разрушением острова во время ледохода на реке Домик был перенесен на форштадт Новодвинской крепости. В 1761 году здание горело, однако после были восстановлены утраченные при пожаре фрагменты и заново переложены печи.
В 1864 году в связи с упразднением Новодвинской крепости Домик Петра вместе с большей частью крепости переходит в ведение Архангельского епархиального ведомства. Однако, в связи с неудовлетворительным надзором со стороны ведомства, приведшим здание к полной запущенности, в 1877 году домик переносится в Архангельск и устанавливается в его центре на набережной реки Двины у церкви Святого Архангела Михаила. Для обеспечения сохранности над памятником возводится деревянный «футляр», который позже был заменен на кирпичный футляр-павильон.
В 1934-36 годы первый директор музея-заповедника Петр Дмитриевич Барановский в целях спасения памятника перевозит его на территорию музея-заповедника и устанавливает в южной части Государева двора, где он и располагается до настоящего времени.
Интерьеры домика Петра I начала XVIII века были воссозданы уже в Коломенском. Сейчас здесь размещен мемориальный музей, посвященный Петру Великому. Экспозиция музея состоит из реконструированных интерьеров «государевых светлиц», в которых царь Петр Алексеевич прожил несколько месяцев летом 1702 года и небольшой выставки, связанной с началом российского военно-морского флота.
