Летописная традиция называет основателем этого монастыря сына князя Владимира, князя черниговского и тмутараканского Мстислава. Согласно одним источникам основание датируется 1033 годом, по другим — 1036-м (в этом случае основателем называют брата Мстислава — Ярослава Мудрого).
Монастырь подвергался разрушениям во время княжеских междоусобиц в 1176 году и при монголо-татарском погроме 1239 года. Вскоре после этого обитель восстановили, но ее еще нераз разрушали — татары в 1501 и 1552, поляки в 1604 году. Однако монастырь всегда поднимался из руин. Спасо-Преображенский монастырь восстановлен в 1620 году на средства каштеляна Минского, старосты Новгорода-Северского Александра Песочинского. В 1635 году король Речи Посполитой Влдадислав IV передал монастырь ордену иезуитов. В начале восстания Богдана Хмельницкого в 1648 году монахи-иезуиты вынуждены были бежать.
Интересный факт: в 1603 году здесь приютили Лжедмитрия I, оказав ему помощь в борьбе за московский престол.
С 1657 года епископскую кафедру здесь возглавил чрезвычайно энергичный иерарх, выдающийся политик и культурный деятель Лазарь Баранович. С того времени Спасо-Преображенский монастырь стал влиятельным культурным центром, собравшим выдающиеся литературно-художественные силы тогдашней Украины — проповедников, писателей, зодчих, художников, печатников. Лазарь Баранович организовал в монастыре латинскую школу, а с 1663 года — типографию.
В 1699-1701 годах настоятелем Спасского монастыря был святой Дмитрий Ростовский. Здесь он написал третью часть "Мартиролог". Отсюда его отозвал русский император Петр I на Ростовскую митрополичью кафедру.
22 января 1787 года монастырь посетила русская императрица Екатерина II, пожертвовавшая средства на возведение нового монастырского собора. Новый собор на руинах древнерусского памятника был построен по проекту знаменитого петербургского архитектора итальянца Джакомо Кваренги в 1791-1806 годах.
В 1838 году в монастыре был похоронен сын последнего гетмана Украины, выдающийся дипломат, политик и композитор, друг Бетховена, граф Алексей Кириллович Разумовский.
При советской власти, в 1929 году, комплекс закрытого монастыря был объявлен государственным историко-культурным заповедником. Несмотря на это, в 1930-х годах местные власти старались разрушить монастырские сооружения, но для реализации этих намерений не хватило средств. В 1979 году здесь открылся филиал Черниговского архитектурно-исторического заповедника. В 1999-2003 годах в монастырском ансамбле, возвращенном Украинской Православной церкви, осуществлена полномасштабная реставрация.
Текст из книги Вечерского Виктора Васильевича "Замки и крепости Украины".