Здание вид имеет ныне совсем мирской — лишь апсида сзади выдает его былое церковное назначение.
Церковь была создана в 1759 г, при новгородском архиепископе Дмитрии Сеченове на средства будующей имереатрицы Екатерины II.Здание было выстроено в тогдашнем стиле барокко. А кирпич для постройки во многом брали с находившегося здесь прежде одноименного храма XIV вв. Уже в XX в. археолог М. К. Каргер раскопал восточнее алтаря современного здания фрагменты старых фресок того времени, сбившихся, видимо, при разборке старой кирпичной кладки.
Та, первоначальная церковь была заложена 25 июня 1336 году архиепископом Василием Каликой, на месте некого «теремца».
Как гласит Новгородская I летопись, «В лЂто 6844 [1336]. Заложи владыка Василии церковь камену Входъ Иерусалима господа нашего Исуса христа, где теремець былъ, месяца июня въ 25, на память святыя Февроньи». Речь в данном случае, конечно идет не о дне Свв. Петра и Февронии Муромских, (нынешний праздник в честь которых был установлен уже при Иване Грозном, в 1547 г), а о старинном христианском празднике в честь Св. Февронии римской, девы-мученицы.
Когда церковь была достроена, освещал ее сам владыка. Но как долго строился этот храм в Детинце, остается загадкой.
Под следующим, 6844 [1337] г, в летописи значится «Того же лета свершена бысть церковь Входъ въ Иерусалимъ господа нашего Исуса христа, и священа бысть пресвященнымъ архиепископомъ Васильем месяца септября 21, святого мученика Кондрата, и бысть крестияномъ прибЂжище; а поставлена бысть въ 9 недель». Как мы видим, храм был освящен владыкой 21 сентября, но ужен следующего года. Однако, между датой закладки 25 июня и 21 сениября прошло как раз 9 недель. Не исключено, что в летописи по каким то причинам сбита хронология, и храм был на самом деле закончен еще в 1336 г. от Рождества Христова.
А почти 4 мая 1338 г, архиепископ повелел ее расписать, что в тот же день и было начато. При этом, церковь очевидно входила в состав владычного двора — в 1339 г она указана в летописи, как «владычная».
С этих пор о судьбе храма мы ничего не знаем до 1759 года, пока он не был перестроен в новом, барочном виде.
Новая церковь была построена в петербургском стиле базилики с длинным и низким помещением и единственной главкой над алтарной частью. В годы Великой Отечественной войны здание было разрушено. В послевоенное время его приспособили под лекторий.
При этом, купол не был воссоздан и, поэтому, не считая апсиды, здание приобрело вполне светский вид. Другое дело, что обмеров главки все равно не сохранилось, и ее воссоздание было бы новоделом (как известно, хорошая реставрация оканчивается там где начинается гипотеза).
А несколько лет назад (как раз в районе Вербного воскресенья, в день входа Христа в Иерусалим), при прокладке кабеля, к югу от бывшей церкви, почти у самой центральной аллеи кремля, были обнаружены фрагменты древнерусского церковного фундамента. Отряд искусствоведов из СПБГУ под руководством Вал. А. Булкина раскопал фундамент храма XIV вв. Сейчас ученые в основном предполагают, что это остатки старого Входоерусалимского храма архипископа Василия Калики. Но почему же вопреки обыкновению, новый храм был построен не на месте него, а в стороне, по соседству (хотя обычно в таких случаях новый алтарь всегда делают на месте старого). Тот ли храм нашли археологи?
Подробнее об этом см. на http://www.nogardia.ru/articles/show/60/