Писцовые книги времен Московской Руси упоминают возле храма деревню от которой сейчас не осталось почти ничего. Впервые же местность упоминается еще до постройки церкви под 1230-м годом.
Храм построили в 1292-м году, в уже существующем монастыре. Согласно Новгородской IV летописи «Заложи Новгородский архиепископъ Климентъ церковь камяну Святаго Николы чудотворца на Липне в монастыре, от Великого Новаграда за 7 поприщъ (11 км), спустя после приплытия святого образа 180 летъ». В замечании об образе видят указание на чудо, явленное в начале XII в., когда новгородский князь Мстислав Великий опасно занемог и был по преданию чудесным образом исцелен святым Николаем Марликийским. С этого времени почитание этого святого проникает на Русь и, в частности, в Новгород. Предполагают даже, что сам Николо-липенский моанстырь был заложен еще при Мстиславе, наряду с Николо-дворищенский собором, который был заложен в 1113 г. так же во имя этого святого. Однако, указание на образ могло означать лишь годовщину культа Николая Чудотворца, но не монастыря на Липне.
Что касается основанной Климентом каменной церкви, то храм этот - особенный: первый каменный храм в Новгородской земле, построенный после Батыева нашествия.
Стены храма сложены из крупных плит местного ильменского известняка. До московского периода их,за редкими исключениями, не штукатурили по всей Руси. По углам фасада и (только по ним, что не типично для Новгорода) устроены лопатки. В верхней части барабана, и вдоль кромки закамаров проходят волнистые аркатурные пояса, которые, по мнению искусствоведов, заимствовали из европейской романской архитектурной традиции.
Интерьер храма имеет ряд совершенно уникальных особенностей. Нижняя часть западной пары столбов, сделана шестигранной, а верхняя крестчатой. Восточные столбы также имеют крестчатое сечение вверху но внизу оно сделано прямоугольным для наиболее удобной установки иконостаса. На хоры из вела открытая лестница (до этого их лестницы сооружали внутри стены).
В том же 1293 г. храм был расписан фресками. До наших дней сохранилось две композиции: написанное на восточных столбах «Благовещение», а также изображенные над входом в дьяконник «Три отрока в пещи огненной». Увидеть их можно в теплое время года, но для этого надо получить разрешение в Новгородском музее-заповеднике. К сожалению, все остальные фрески пострадали в ходе дальнейшего подновления внутреннего убранства.
В 1764 году Липенский монастырь был закрыт. В то время проходила секуляризация церковных земель, сопровождавшаяся упразднением мелких обителей. Все монастырские постройки кроме главной Никольской церкви были разобраны для использования материала при благоустройстве соседнего монастыря Михаила на Сковородке.
В 1930-м году церковь Николы на Липне была исследована искусствоведами. При этом были выявлены и изучены первозданные фрески.
Однако, уже к 56 гг храм был восстановлен. Руководила работами знаменитая архитектор-реставратор Любовь Митрофановна Шуляк.
Остальные фотографии и текст тут